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El sistema de eRNA que usa floculación de hierro con RT-qPCR basado en sonda es factible para identificar y cuantificar la presencia del virus de la tilapia lacustre (TiLV) en muestras de agua de la piscicultura de tilapia.
Investigadores del Center of Excellence for Shrimp Molecular Biology and Biotechnology (Centex Shrimp), de la Mahidol University, del Center of Excellence in Aquatic Animal Health Management de la Kasetsart University, del National Research Institute of Aquaculture, Japan Fisheries Research and Education Agency, del WorldFish, del Asian Institute of Technology y del National Center for Genetic Engineering and Biotechnology (BIOTEC), National Science and Technology Development Agency (NSTDA) desarrollaron un nuevo ensayo RT-qPCR basado en sondas dirigidos al segmento genómico 9 del TiLV y aplicado para detectar el TiLV no solo de los tejidos de los peces, sino también del ARN ambiental (eRNA) concentrado en las muestras de agua.
El virus de la tilapia lacustre (TiLV) Tilapia tilapinevirus es responsable de mortalidades masivas en la piscicultura de la tilapia. Identificado por primera vez en el año 2014, el virus tiene impactos significativos en la acuicultura de tilapia.
La enfermedad causada por el TiLV usualmente resulta en mortalidades acumuladas de 20 a 90%.
A la fecha, hay 16 países que han informado la detección del TiLV, pero los investigadores vienen hipotetizando una mayor difusión geográfica debido a los movimientos activos de tilapias vivas con otros países.
Varios métodos moleculares han sido desarrollados para la detección del TiLV, incluido el RT-PCR, el PCR anidada y semianidada, RT-qPCR, amplificación isotérmica medida por bucle (LAMP) y enfoque de amplicón de PCR basado en nanoporos.
Sin embargo, todos los métodos mencionados dependen del tejidos de los peces para el diagnóstico, y no se conocen aplicaciones para la detección del TiLV en muestras de agua.
La detección y cuantificación del virus en el ambiente (eDNA/eRNA) usando agua de los estanques representa un enfoque potencial y no invasivo para monitorear al patógeno e identificar de forma temprana al TiLV.
Durante los casos de brotes de enfermedades de un sistema de jaulas abiertas y un sistema de criadero cerrado, se recolectaron muestras de tilapia y de agua para la detección y cuantificación del TiLV.
Según los investigadores el método Rt-qPCR tiene una región conservada del segmento 9 del genoma del TiLV que tiene un límite de detección de 10 copias virales por ul de molde.
“El método tenía una especificidad analítica y una sensibilidad del 100% para el TiLV” reportan.
El método de floculación de hierro optimizada fue capaz de recuperar el 16.11% de las muestras de agua enriquecidas con cultivos virales.
“A pesar de la baja tasa de recuperación de las muestras de agua en este estudio, nosotros confirmamos la utilidad de la floculación del hierro y el enfoque RT-qPCR para concentrar y determinar la concentración de TiLV de agua de crianza de peces y otras fuentes de agua durante brotes de enfermedades” destacan los investigadores.
Los resultados revelaron que el TiLV se detectó tanto en peces clínicamente enfermos como en peces asintomáticos.
“Lo más importante es que el virus se detectó con éxito a partir de muestras de agua recolectadas en diferentes lugares de las piscigranjas afectadas” concluyen los investigadores.
Ellos indican que el método de concentración viral fue exitoso para la detección y cuantificación del TiLV en el agua de estanques/jaulas, pero también de estanques, reservorios y efluentes no afectados.
El nuevo enfoque puede ser útil para el monitoreo no invasivo del TiLV en la piscicultura de tilapia, y facilitar la toma de decisiones sobre las intervenciones de bioseguridad necesarias.
Referencia (acceso abierto):
Suwimon Taengphu, Pattanapon Kayansamruaj, Yasuhiko Kawato, Jerome Delamare-Deboutteville, Chadag Vishnumurthy Mohan, Ha Thanh Dong, Saengchan Senapin. 2021. Concentration and quantification of Tilapia tilapinevirus from water using a simple iron flocculation coupled with probe-based RT-qPCR. bioRxiv 2021.08.10.455809; doi: https://doi.org/10.1101/2021.08.10.455809
Fuente: Aquahoy
